Az Onkoterápiás Klinika 1994-ben jött létre a Radiológiai Klinika Sugárterápiás Osztályának és a Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika Onkológiai Osztályának egyesülésével. A Radiológiai Klinika Sugárterápiás Osztályát 1980. november 20-án nyitotta meg az Egyetem, néhai Kelemen János intézetvezető professzor vezetésével a Szemészeti Klinika régi épületében. Itt 20 ágy állt rendelkezésre a vidéki, illetve a rossz állapotú betegek elhelyezésére, továbbá kislaboratórium, és egy hagyományos röntgendiagnosztikai munkaállomás, melyet 1983-ban egy TUR DG 40 mammográffal is felszereltek. Az osztály mellé épített bunkerben egy PICKER C 3000 telecobalt besugárzó készülék és egy THX 250 orthovoltos röntgen besugárzó készülék került. Az akkor korszerűnek számító besugárzástervezést (Van de Geijn program) egy a fővárosban elhelyezett központi számítógéppel létesített kábeles összeköttetés biztosította. Emellett akkor modernnek nevezhető körzős körfogatkészítő rendszer, illetve a fizikai mérésekhez dozimetriai műszerek álltak rendelkezésre. A Centrum regionális hatókörű sugárterápiás ellátást biztosított. A sugárterápia mellett kezdettől folytak gyógyszeres kezelések is, bár egyes diszciplinák hagyományszerűen a mai napig döntően maguk végzik a kemoterápiát (tüdő-, urológiai daganatok és hematológiai malignus betegségek). A Radiológiai Klinika vezetői a sugárterápiás osztály leválása előtt Kelemen János professzor (1976 - 1984), Fráter Loránd docens (megbízott intézetvezető, 1984 - 1985), Varró Vince professzor (megbízott intézetvezető, 1985 - 1986), Vadon Gábor professzor (1986 - 1992) és Csernay László (1992 - 1997) professzor volt.
Az Onkoterápiás Klinika alapításakor, 1994 -ben a Szülészeti és Nőgyógyászati Klinika Onkológiai Osztálya már több évtizedes hagyományokkal rendelkezett a nőgyógyászati tumorok sebészi kezelésén túl az üregi sugárkezelés terén is. A 35 ágyas osztály vezetői voltak: Szegvári Menyhért docens, majd Thurzó László docens.
A Klinika két részlege már megalakulásakor korszerű komplex onkológiai kezelést nyújtó regionális centrumként működött, az országban az elsők között indította meg multidiszciplináris team-jeit és a graduális onkológia-oktatást, és több területen folyt önálló kutatómunka. A betegellátás modern besugárzó készülékkel (Mevatron KDS-2, Siemens), szimulátorral (Mevasim S, Mecaserto, Siemens), besugárzástervező rendszerrel (Helax TMS) és brachyterápiás rendszerrel (Gammamed 12i) illetve kobaltágyúval (Teragam K-01, Skoda UJP) folyt. A "B Részleg" felújítása 1998-ban, az "A Részleg" felújítása 2005-ben fejeződött be. A jelentős beruházással kialakított jelenlegi géppark 2005. év elejétől kezdett üzemelni.